P. J. Pedro Gay, 
Historia da Republica jesuitica do Paraguay, 1863

Intento de Reconquista

La pérdida de los territorios de los Siete Pueblos produjo sorpresa en las autoridades virreinales que no tuvieron los elementos para una rápida contraofensiva. Sin embargo, en los años siguientes, la tozudez expansionista portuguesa llevó a la organización de proyectos de reconquista por parte de España. En enero de 1806, estaban prestos 2500 soldados para atacar el sur riograndense por dos flancos: desde Montevideo, bordeando el Atlántico, y desde San Javier, en el río Uruguay. La idea era reconquistar todo el Rio Grande, no sólo los Siete Pueblos. Las invasiones inglesas al Plata, pocos meses después obligaron a abortar este intento.

Glosario

Sesmarías: unidades de producción otorgadas por la Corona Portuguesa a quienes poblaran regiones de reciente conquista. Sus superficies eran de por lo menos 3 x 1,5 leguas cuadradas. Se trataban de concesiones a muy bajo precio y enormes facilidades de pago.

Se quiebra la unidad

Las Ordenanzas del gobernador de Buenos Aires, don Francisco de Bucarelli dispuestas a partir del extrañamiento de los jesuitas, en 1768, reestructuraron en todos los órdenes la antigua organización de los sacerdotes de la Compañía. Desde lo económico, como se ha visto, donde se quebró el aislamiento misionero, abriendo el comercio al exterior de los pueblos, hasta lo político-administrativo, con la creación de divisiones departamentales para el conjunto reduccional. 
En la nueva organización de gobierno, siempre se tuvo en cuenta la precaución ante la presencia portuguesa cercana a los pueblos orientales. Así, la primera subdivisión de Bucarelli consistió en la designación de dos gobernadores interinos: Francisco Bruno de Zabala y Juan Francisco de la Riva Herrera. Al primero le asignó los diez pueblos del Uruguay, con expresa orden de la custodia de la frontera portuguesa. Al segundo le correspondieron los veinte pueblos restantes. Una serie de dificultades con Herrera, obligaron a Bucarelli a reconsiderar aquella ordenanza, nombrando un gobernador general interino de todos los pueblos, Bruno de Zabala, y tres departamentos a cargo de tenientes de dragones del Regimiento de Buenos Aires. Estos lo representarían en San Miguel, con jurisdicción sobre los seis pueblos orientales –excepto San Borja– cinco del Paraguay, con asiento en Santiago y cuatro con dependencia de Yapeyú. 
Al primero le recomendaba expresamente el cuidado de la frontera con los lusitanos. No poseía autonomía la provincia de Misiones, sino que quedaba como un distrito sujeto a la gobernación de Buenos Aires. El sucesor de Bucarelli, Juan José de Vértiz –futuro virrey del Río de la Plata– mantuvo aquella estructura administrativa, pero brindó independencia a los departamentos, creando el cargo de Teniente de Gobernador en las jurisdicciones ya establecidas. A los departamentos ya fundados, se sumaron el de Candelaria, con jurisdicción sobre ocho pueblos y Concepción, con siete. Esta situación se mantuvo hasta 1784, cuando se ordenó la creación de las Intendencias del Paraguay y Buenos Aires. Los departamentos de Yapeyú, San Miguel y Concepción respondían a partir de entonces a la autoridad del Intendente de Buenos Aires. Santiago y Candelaria quedaban subordinados al de Paraguay. Esta Ordenanza se constituyó en la primera fragmentación de la unidad de los pueblos y agravó aun más el caos reinante entre ellos. El entrecruzamiento de órdenes y la ausencia de control de las autoridades políticas de los pueblos trajo como consecuencia la inacción de las autoridades, el deterioro de las localidades a su cargo y la desatención de las fronteras con los portugueses.

La expansión portuguesa hacia el río Uruguay
El abandono de las estancias jesuíticas, que se internaban hasta el centro de la Banda Oriental por el sur y las cercanías del Atlántico por el este, hizo que estos campos se constituyeran en “tierras de nadie” y el ganado cimarrón fuera explotado ilegalmente por audaces hacendados blancos. La caza de hacienda en esas praderas posibilitó la formación de un personaje característico: el gauderio, gaúcho o gaucho, según la variada denominación de la época. Producto de una cultura típicamente rural, jinete excepcional, mezcla de español, portugués, negro, mulato, mestizo, charrúa y guaraní, el gaucho fue amo y señor de la región de las antiguas vaquerías jesuíticas. El lento avance de hacendados provenientes de Buenos Aires, Montevideo, Santa Fe, Corrientes y Rio Pardo, les fue disputando la soberanía de las praderas. Se extinguían las vaquerías dando lugar a la formación de unidades de producción organizadas y muy fructíferas, en épocas en que el cuero y el charque empezaban a ser muy requeridos, sobre todo en las zonas mineras del Planalto brasileño, cercano a las Misiones.

Changadores, gauderios, labradores
En el elemento poblador de las campañas platinas se distinguen varios tipos. El pionero es el changador, jinete contratado por temporadas para realizar arreos, vaquear, faenar cueros, conducir cargas en carretas. Aparece a principios del siglo XVII, pero en la época virreinal no se restituye a las ciudades, sino que anda errante por los campos, en busca de conchabos. A veces se los enrolaba en las milicias, en épocas de guerra. Don Juan de San Martín alistó a varios de los que trabajaban al servicio de Yapeyú, en febrero de 1776, quienes fueron enviados a San Borja para custodiar la frontera ante eventuales avances portugueses. Eran excelentes baqueanos, conocedores de todas las rutas de llanuras y serranías.
El gauderio, en tanto, se distinguía por su propensión a la delincuencia. Desertores de la justicia, en su mayoría, convivían con los indios infieles, los portugueses o los guaraníes emigrados de las misiones. No se conchababan como los changadores pero según su conveniencia se encuadrillaban en algunas acciones bélicas, acompañando por ejemplo a Borges do Canto, en 1801, en la conquista de los Siete Pueblos. Changadores, gauderios, minuanes y charrúas señoreaban en el interior de las praderas orientales, en las antiguas vaquerías jesuíticas. Los labradores, eran modestos productores libres, que se instalaban en tierras baldías, preocupándose por explotarlas. Sentarían las bases para un poblamiento estable de esas praderas.
Todos ellos, junto con los hacendados que obtenían derechos sobre las tierras que ocuparían, fueron los pioneros habitantes de la región abandonada después de la expulsión de los jesuitas. Los guaraní-misioneros que emigraron de sus pueblos a partir de su decadencia, se mezclaron con este elemento poblador, formando un tipo de hombre rural, propio de la región y que dio características culturales comunes a pueblos que luego se independizaron pero que siguieron conservando muchas de las costumbres adquiridas en esa etapa inicial del poblamiento.
En las Vaquerías del Pinar y de la Sierra, más cercano a la zona de las Minas Gerais también se había gestado un tipo de hombre rural con costumbres muy semejantes a las de los gauchos de la Banda Oriental. Entre ambos comenzó un contacto bastante activo motivado por el contrabando fomentado desde la Colonia del Sacramento.
La Guerra Guaranítica de 1750 permitió a los lusitanos conocer los mejores caminos que unían el Rio Grande con las Misiones Orientales. Las poco claras fronteras con las Misiones eran permanentemente franqueadas por aquellos baqueanos, ante la indiferencia de las autoridades españolas en aquellos pueblos. Una alianza no formal de los lusitanos con minuanes y charrúas en la época de la Guerra de los Siete Años entre España y Portugal, permitió el hostigamiento constante de éstos sobre los pueblos misioneros orientales asentados en la frontera hispano-portuguesa. La acción del gobernador don Pedro de Cevallos puso freno a estas incursiones.
Firmado el Tratado de San Ildefonso en 1777, se fijó una nueva frontera entre España y Portugal en la región. Pero la misma siguió siendo indefinida, sobre todo en el departamento de San Miguel, en los pueblos misioneros. Muchos aventureros recorrían el área de las misiones orientales arreando ganado en las estancias comunitarias para las charqueadas riograndenses.
Convencidos los lusitanos de su política expansionista hacia la cuenca del Plata, aprovecharon el desenlace de la efímera Guerra de las Naranjas en la península ibérica para alentar la invasión con fuerzas irregulares a las Misiones Orientales. Fue el último paso de la estrategia de conquista que venían desarrollando desde medio siglo atrás. Aprovecharon para este plan el estado de desgobierno y pobreza imperante en los pueblos orientales.

La toma de San Miguel. Aprovechando las circunstancias bélicas entre  España y Portugal en el Viejo Mundo, los lusitanos se apoderaron de  la región de los Siete Pueblos mediante un audaz golpe de mano de  aventureros mercenarios a la orden de la corona portuguesa.

La conquista de los Siete Pueblos 
La conquista de las misiones orientales no fue consecuencia de un plan militar formalmente organizado desde el gobierno de Rio Pardo. Fue obra de un grupo de aventureros, antiguos desertores del Regimiento de Dragones que, aprovechando una amnistía decretada, se dispusieron a trabajar para la Corona como punta de lanza de la expansión portuguesa hacia el Uruguay. Tenían la promesa de ser poseedores de buena parte de las tierras conseguidas para el Imperio. 
La empresa fue dirigida por José Borges do Canto, gran conocedor de los Siete Pueblos por sus varias correrías realizadas previamente. Fue acompañado por otro aventurero, Manuel dos Santos Pedroso, baqueano amigo de varios caciques guaraníes de las misiones que inclusive hablaba su idioma. Lideraron éstos un grupo de 40 combatientes a los que se adhirieron 300 guaraníes escapados de los pueblos, descontentos con las autoridades impuestas. El 8 de agosto de 1801 sitiaron San Miguel y en unos pocos días conquistaron el resto del territorio, casi sin oposición de los mandos militares de los pueblos misioneros. Aparentemente la conquista fue precedida de entendimientos con los caciques de los poblados, muy venidos a menos en el nuevo orden establecido en las Misiones por las autoridades virreinales. En San Borja, por ejemplo, fueron los mismos caciques quienes aprisionaron a los administradores españoles, antes de la llegada de los conquistadores al pueblo.
Ocupado el territorio, ni las autoridades peninsulares, ni las virreinales forzaron su recuperación. La conquista fue legalizada en 1802 con la firma del Tratado de Badajoz. El Imperio portugués creó el distrito de Misiones, que pasó a formar parte de la Capitanía de São Pedro Sur, con sede en Rio Grande. Con esta iniciativa, Brasil extendió sus fronteras hasta el Uruguay y por el sur hasta el Ibicuy. Desde allí incursionaban permanentemente sobre el norte de la Banda Oriental e incluso la otra banda del Uruguay. En 1808, para consolidar la ocupación, nació la Comandancia de Misiones, cuyo primer titular fue el teniente coronel Tomás da Costa Correia e Silva. Un año después se iniciaría la larga y controvertida administración del mariscal Francisco das Chagas Santos.
El estado de los pueblos al momento de la conquista era caótico. Campeaba el latrocinio, las labores comunitarias estaban abandonadas hacía ya mucho tiempo, los indios entregados a sí mismos caían en el relajamiento y los vicios. Las deserciones eran permanentes. 
Ante esa situación, los primeros delegados distritales autorizaron las vaquerías en las fronteras aún no demarcadas. En una de estas incursiones, a orillas del Arapey, en la Banda Oriental, fue aprehendido y muerto Borges do Canto.
Estas razzias posibilitaron, por otra parte la incursión luso-brasileña en las fronteras aún no demarcadas. La Corona portuguesa, alentaba el poblamiento de esta región concediendo tierras y promesas de amparo y protección.

El poblamiento portugués de la Banda Oriental
La ocupación portuguesa de los Siete Pueblos, concretó una vieja aspiración de la Corona: el afianzamiento de la frontera meridional sobre el río Uruguay. Apenas conquistados los reductos guaraníes, la Capitanía de Rio Grande comenzó a otorgar tierras en sesmarías, con el fin de afianzar la ocupación. Por ello, los primeros beneficiados con extensos y fértiles campos fueron José Borges do Canto, y quienes lo acompañaron en el golpe de mano de 1801.

Este proceso de ocupación suroccidental de Rio Grande fue la etapa final del proyecto poblacional del Imperio portugués en sus confines meridionales. La estrategia se había iniciado en 1737 con la fundación de Rio Grande y Laguna o Porto dos Casais (Porto Alegre). Un puñado de familias, ligadas al Regimiento de Dragones se distribuían las principales propiedades en la frontera con la Banda Oriental. En la segunda mitad del siglo XVIII se ocuparon las cuchillas divisorias de aguas (Cochilha Grande) y la Depresión Central, hasta el río Jacuhy, de acuerdo a lo resuelto en el tratado de San Ildefonso. La conquista de Misiones permitió completar el poblamiento hacia el oeste y, desde allí los frentes pobladores continuaron hacia el sur, hasta las márgenes del Quareim.
Apenas conquistadas las Misiones Orientales, se inició la distribución de las tierras. Las primeras estancias se constituyeron prácticamente sobre las ya existentes que pertenecían a la comunidad guaranítica. La fértil pradera limitada por los ríos Uruguay, Camaquá, Piratiny y Botuí, con sus tributarios fue repartida en el primer decenio del siglo XIX. 
Al crearse la comandancia de Misiones, se fijó arbitrariamente como límite sur el río Ibicuy. Ocupado su espacio, entre 1810 y 1820, el mismo Comandante, al atribuírsele derechos de otorgamiento de tierras, concedió varias parcelas que llegaban hasta el río Quareim. 
Consolidaba así Portugal las fronteras actuales del Brasil, ante la inacción de las autoridades rioplatenses más preocupadas por los problemás derivados de la revolución de Mayo que por el avance portugués.
Los “sesmerios” (ocupantes de las sesmarías) con el tiempo se constituyeron en los grandes señores de las regiones fronterizas. En el primer cuarto del siglo, cuando recién empiezan a formarse los núcleos urbanos sobre el Uruguay, la estancia era una especie de “célula social” de la región. Los grandes propietarios se convirtieron en verdaderos señores feudales, en cuyo derredor giraban hombres, producción y la pequeña economía. Dante de Laytano, estudioso de la influencia social de las estancias riograndenses, consideraba a éstas como “feudos libres y populares, con los estancieros en el papel de orientadores de la política y la economía local...”. Este autor brasileño encuentra en estos estancieros el origen de la famosa rebelión republicana conocida como la “Revolución Farroupilha”, iniciada apenas una década después del afianzamiento riograndense sobre la frontera del Uruguay.
Los pueblos guaraníticos continuaron en franca disolución. El antiguo departamento de San Miguel se transformó en la Comandancia Militar de Misiones. Su función fronteriza, alejada unos 600 kilómetros de la capital de la Capitanía, no permitía otro tipo de gobierno que una administración de tipo militar. Las comunidades de guaraníes fueron atendidas por un administrador, un ayudante y un cura y se siguió respetando el sistema de comunidad. Pero tanto el orden como el cuidado del patrimonio de los pueblos dependió mucho de la honradez e idoneidad de estos funcionarios. Evidentemente los administradores delegados distaban de poseer estas virtudes. 
El botánico francés Auguste de Saint-Hillaire, que recorrió los pueblos en esta época indicaba que: “...de las ricas estancias jesuíticas pobladas de animales ya no quedan vestigios. Santo Ângelo ha perdido de manos de su administrador la posesión de sus estancias, lo mismo San Luis, San Lorenzo y San Nicolás. San Borja y San Juan conservan sus estancias, pero sin animales..” Justificaba este estado de cosas diciendo: “¿Dónde hallar entre los portugueses hombres capaces de aceptar desinteresadamente el encargo de dirigir un pueblo semi-bárbaro en una región distante de las ciudades, donde nada se hacía sino a peso de oro? Los administradores se enriquecen a costa de los salvajes y los indios trabajan con mala voluntad. Por ello huyen de sus aldeas, porque el mundo ya no se limita a ellos...”.
No había diferencias con la situación que vivían sus hermanos guaraníes en la otra banda del Uruguay.